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超薄切片實驗：超薄切片是使用超薄切片機將樹脂包埋的樣本進行切片，切片厚度一般為50-80nm，用無碳芳華膜銅網進行撈片，然后重金屬染色（鈾染+鉛染），常溫干燥保存。超薄切片常用于通過透射電鏡觀察亞細胞水平的細胞器結構，例如線粒體、細胞核、內質網、高爾基體等。

負染實驗：提純的外泌體、病毒、細菌、蛋白、脂質體、大分子結構、納米材料等樣本，通過負染將懸浮于液體中的樣本原液滴于銅網進行重金屬染色。重金屬鹽包圍在樣本外周，電子不能穿透，而樣本本身可通過較多的電子。在電鏡下樣本與周圍的染色背景形成明暗反差，因而可清晰顯示樣本輪廓

骨組織透射電鏡全套（分切+脫鈣+包埋+制片+拍照）：骨組織及牙齒組織富含有鈣質非常堅硬不易制成超薄切片，如需要觀察骨組織骨細胞的超微結構需要先行EDTA脫鈣（不建議強酸快脫，對細胞超微結構破壞較為嚴重）

透射電鏡拍照實驗：透射電鏡（TEM）可以清楚的觀察到在普通光學顯微鏡下無法看清的動植物細胞內的超微結構，比如線粒體、內質網、高爾基體、溶酶體、自噬小體、凋亡小體、葉綠體、液泡、細胞內生細菌等結構及病理變化。

透射電鏡全套（包埋+制片+拍照）實驗：透射電鏡（TEM）通過對組織細胞樣本進行樹脂包埋切片，60-80nm厚度的超薄切片，經過重金屬鉛、鈾染色后于透射電子顯微鏡中進行幾千至幾萬倍的放大成像，從而能夠清楚的觀察到在普通光學顯微鏡下無法看清的動植物細胞內的超微結構，比如線粒體、內質網、高爾基體、溶酶體、自噬小體、凋亡小體、葉綠體、液泡、細胞內細菌或病毒侵染等結構及病理變化。