ChIP實驗研究轉錄因子，調控因子結合的DNA和組蛋白結合的NDA操作上最大的區別是什么？

ChIP實驗中由于組蛋白在染色質中表達相對較高，表達也較穩定，轉錄調控因子表達水平很低，往往是瞬時表達。所以組蛋白研究起來更為容易，一般需要105-106個細胞即可完成一個ChIP反應。研究起始樣本量（細胞，組織）要是組蛋白的10倍，一般每個反應至少需要107個細胞。另外有些轉錄因子比較大，往往結合多個核小體，因此在染色質斷裂的時候，不太適合使用酶法的處理方式，建議使用超聲斷裂染色質的方法。因為酶法是化學處理，消化的位點往往比較均一，多是在核小體的連接處，酶消化有可能將核小體斷裂的同時打斷轉錄因子與DNA的結合。

ChIP實驗中使用超聲方法斷裂染色質溫度不易控制，可能會使蛋白變性，影響ChIP結果，有沒有較好的優化方案？

ChIP實驗中超聲的優化一般從如下幾個方面考慮：

1 不建議重復已發表的剪切方案而不進行優化。當儀器不同于文獻中所使用的儀器時，尤其如此。

2 目前有各種超聲破碎儀器，水浴和基于探頭的。在使用基于探頭的超聲破碎儀時，選擇一個適用于您的樣品體積的探頭。

3 在任何情況下，剪切參數都應當根據您的樣品體積、細胞密度和細胞類型而優化。

4 優化應當包括功率設置（超聲時間 vs. 間隙時間/休息時間）以及獲得長度為200 – 1000 bp的DNA片段所需的剪切循環數，每個優化實驗只優化一種參數；

5 注意時間和功率設置。過度破碎和太高功率設置會損害在免疫沉淀步驟中的表位。降低ChIP信號。

6 始終保持裂解液冰冷，間斷超聲，而不是連續，因為超聲處理產生熱量會使染色質變性。

7 在超聲破碎過程中避免氣泡。泡沫會導致蛋白質的表面變性，可能使染色質損失在氣泡中。為了避免這種情況，一開始設為較低功率，再逐步提高。

8 在優化條件時，每個超聲破碎循環后通過瓊脂糖凝膠電泳分析DNA片段的長度。剪切不足所產生大的不溶蛋白質:DNA:RNA復合物可能堵塞瓊脂糖凝膠的孔，并延緩電泳過程。通過消化蛋白質、逆轉交聯、酚:氯仿提取和沉淀來純化DNA。

染色質免疫共沉淀（CHIP）實驗檢測